Anciens alliés, les deux pays se sont accusés l'un l'autre de tolérer des dissidents hostiles à leur gouvernement respectif. Le Rwanda a accusé l'Ouganda de stationner des troupes le long de la frontière et l'Ouganda a accusé le Rwanda d'abriter des dissidents défavorables à M. Museveni.
Cependant, il y a une semaine, l'Ouganda a retiré un bataillon de l'armée de sa frontière avec le Rwanda, à l'issue d'une rencontre à Kabale, une localité frontalière ougandaise, entre leurs ministres de la Défense, qui ont décidé de ne pas permettre que leurs territoires soient utilisés par des forces dissidentes. Ils étaient également convenus de réactiver une commission militaire conjointe pour vérifier les allégations concernant l'activité dissidente. Les ministres avaient aussi décidé qu'une lettre adressée par M. Museveni à la ministre britannique pour le développement international, Clare Short, décrivant les officiels rwandais comme « idéologiquement en faillite » serait discutée au sommet de Londres.
La Grande-Bretagne, principal donateur des deux pays, a tenté d'apaiser la tension. Or, à la veille de la réunion de Londres, l'Ouganda a annoncé par surprise la promotion de son chef d'état major, le général James Kazini au poste de commandant intérimaire de l'armée, ce qui en fait le numéro deux dans la hiérarchie militaire, après M. Museveni. La BBC a rapporté mardi que M. Kazini était chargé des opérations militaires de l'Ouganda dans la République démocratique du Congo lors des combats en 1999 entre les soldats ougandais et rwandais dans la ville de Kisangani, dans le nord-est du pays.
M. Kazini avait été retiré avant la publication d'un rapport de l'ONU sur l'exploitation étrangère des ressources de la RDC pour financer la guerre.
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