Le Tribunal a cependant acquitté André Ntagerura, l'ancien ministre des transports et des communications ainsi qu'Emmanuel Bagambiki, l'ancien préfet de Cyangugu, poursuivis pour les mêmes chefs d'accusation.
Concernant M. Imanishimwe, commandant du camp militaire de Karambo, le TPIR avait estimé, qu'il avait autorisé ses soldats à arrêter, détenir, maltraiter et exécuter des civils. Il a ainsi été pénalement reconnu responsable du massacre au stade de football de Gashirabowba le 12 avril
1994 pour ne pas l'avoir prévenu et pour n'avoir pas puni ses subordonnés.
Le Tribunal a acquitté M. Ntagerura, en indiquant que le procureur n'avait pas apporté la preuve irréfutable de la véracité des inculpations devant entraîner la mise en jeu de la responsabilité pénale de l'accusé. Il a ainsi constaté l'absence de preuves crédibles concernant le soutien officiel de M. Ntagerura aux tueries ou son rôle en temps que superviseur à la préfecture de Cyangugu en 1994.
De même pour M. Bagambiki, le Tribunal a estimé que le procureur n'avait pas réussi à prouver les allégations relatives au crime de génocide ou à démontrer qu'il pouvait être pénalement responsable pour les crimes qu'il aurait commis directement, en tant que complice ou sous son autorité. Le Tribunal a en conséquence jugé que M. Bagambiki n'était pas responsable des agissements des soldats, des gendarmes ou d'autres personnes qui ont tué des Tutsis dans la commune de Kagano car le procureur n'avait pas rapporté la preuve d'un lien de subordination entre l'accusé et les tueurs. Le TPIR a par ailleurs acquitté M. Bagambiki des accusations selon lesquelles il aurait formé des miliciens Interahamwe et distribué des armes à ceux-ci.
Le TPIR a rappelé que M. Imanishimwe a été arrêté au Kenya le 11 août 1997 et transféré au centre de détention du Tribunal le même jour. M. Ntagerura avait été arrêté au Cameroun le 27 mars 1996 et transféré à Arusha le 23 janvier 1997. M. Bagambiki avait été arrêté au Togo le 5 juin 1998 et transféré à Arusha le 10 juillet 1998.
L'affaire Cyangugu porte à 21 le nombre d'affaires jugées par le Tribunal, a rappelé le TPIR. Sur les 21 cas, le Tribunal a condamné 18 personnes et acquitté trois autres.
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