Les magistrats affirment que les limogeages sont nuls et non avenus car l'institution mandatée par la constitution pour nommer ou révoquer les juges de la Cour Suprême est le Haut Conseil de la Magistrature, alors que le rôle du président est limité à leur faire prêter serment. En outre, le président et le vice- président de la Cour Suprême ne sont pas choisis par le chef de l'état mais élus par leurs pairs, seuls habilités à les relever de leurs fonctions.
Les relations entre M. Yala et le corps judiciaire se sont détériorées fortement depuis ces dernières semaines. A la fin du mois d'août, un tribunal régional de Bissau a estimé inconstitutionnelle une décision du président d'interdire le groupe musulman Ahmadiyya et d'expulser quelques uns de ses chefs. M. Yala a réagi en décrivant les juges de corrompus. La Cour Suprême a affirmé qu'elle avait l'intention de poursuivre le président pour avoir interférer dans les affaires du système judiciaire, mais M. Yala a révoqué son président en le remplaçant par son ancien directeur de cabinet.
Le parlement de la Guinée-Bissau a rejeté les révocations à la fin de la semaine. Des sources proches de l'état ont indiqué à IRIN que les législateurs ont prévu d'organiser une réunion extraordinaire au début d'octobre, au cours de laquelle une motion de non-confiance pourrait être passée contre le président.
Les sources n'ont pas été en mesure de confirmer la spéculation selon laquelle M. Yala pourrait dissoudre le parlement dans le but d'anticiper sa destitution, auquel cas il aura à déclarer l'état d'urgence et à gouverner par décret. En attendant, une source a déclaré, que la "tension est très vive à Bissau".
Les nouveaux développements n'augurent rien de bon pour le processus de paix en Guinée-Bissau, qui a été marqué par l'insécurité ces dernières années. Onze mois de guerre entre les forces fidèles au président Nino Vieira (soutenues par des troupes Sénégalaises et guinéennes) et une junte militaire auto-désignée ayant pris fin en mai 1999 avec le renversement de M. Vieira.
La junte, dirigée par le brigadier général Ansumane Mane ( aujourd'hui décédé), a co-gouverné la Guinée-Bissau avec les civils jusqu'à ce que M. Yala ait prêté serment à la suite de sa victoire au second tour des élections en janvier 2000.
Les relations entre le gouvernement élu et l'ancien co-dirigeant de la junte militaire sont restées tendues durant toute l'année 2000. Les choses ont refait surface en novembre quand Mane avait rejeté les nominations militaires faites par M. Yala (qui est le commandant en chef des forces armées) et a pris les rênes de l'armée. Des combats éclatèrent entre les forces appuyant l'ancienne junte militaire et les forces loyales au gouvernement. Les loyalistes ont repris l'avantage et le 30 novembre 2000, Mane a été tué.
En mars 2001 M. Yala a affronté un autre défi, cette fois de sa propre famille politique, le Parti de rénovation sociale (PRS) qui le pressait de révoquer le premier ministre d'alors, Caetano Intchama, auquel d'autres partis étaient opposés, a été remplacé comme premier ministre en mars par Faustino Imbali, qui a dirigé le cabinet composé de personnes de groupes politiques variés.
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